Stéphane Blanquet débute très jeune dans le dessin et la bande dessinée. Une de ses première apparition se fait dans les pages du graphzine « Sortez la Chienne! ». Il se fait connaître par son fanzine, Chacal Puant (1990), suivi de La monstrueuse (1995), dans lequel il fait preuve d’un talent graphique précoce et complexe[non neutre]. Ses premières pages sont illisibles et ne cesseront d’évoluer vers une forme d’élégance underground qui n’a que peu d’homologues : on pense à Julie Doucet – que Blanquet sera sans doute le premier à publier en France -, à Emmanuelle Houdart et à quelques peintres de la Figuration Libre.
En 2001, il publie un de ses albums de bande dessinée les plus marquants, La nouvelle aux pis, roman graphique tout en ombre salué par la critique. Dans la même veine mais en encore plus sombre, suivra en 2007, La Vénéneuse aux deux éperons (sélectionné comme un des lauréats du Concours des plus beaux livres français).
En 2003, il remplace le papier par la peau humaine, avec Sur l’épiderme, un ouvrage très singulier de peinture sur corps. En 2009, il poursuit cette recherche graphique avec La chair nue s’articule.
En dehors de la bande dessinée et du dessin, Blanquet développe au fil des années son univers dans des jouets et des films d’animation. Depuis 2004, il conçoit par ailleurs des installations : Chambre avec vue sur mes cauchemars (2004), Beauty City (2006), Chambre (Montreuil 2008)…
Après avoir collaboré en 2006 avec le metteur en scène Jean Lambert-Wild sur la pièce de théâtre Sade Songs (adaptation musicale du Marquis de Sade, dont il a pensé les décors et les costumes), il occupe à partir de 2007 le poste de Directeur Oculaire du Centre dramatique national de Normandie – Comédie de Caen.
En 2009, il présente une nouvelle installation pour l’exposition collective Quintet au musée d’art contemporain de Lyon.
En 2010 (mars-avril), il expose à Tokyo à la Span Art Gallery.